本計畫施行為有鑒於東港溪受畜牧污染，污染物沉降底泥中，再由底泥釋放至河體中，如此循環下，河體品質無法獲得有效之改善，本研究冀望藉由底泥復育試驗之執行成效了解最適底善方法，並提供後續相關研究之依據，目的為希望藉由有效之底泥品質之改善間接達到之河川水體之改善，為了解利用試驗場進行河道底泥復育是否具有成效以提供後續相關案例之參考或相關利用，本計畫共計針對河道內底泥進行VOS、SVOC及TPH、試驗場底泥特性及相關復育成效之分析（含底泥厚度量測、底泥觀測-臭味、顏色及菌相、河川底泥分析-含底泥重金屬與底泥特性分析等）。為了解不同深度下之復育成效，本團隊設計三種不同池塊深度分別為20公分、40公分及60公分，採樣深度為20公分池塊採集表面樣品（以下稱A處理）、40公分池塊採集30公分深度樣品（以下稱B處理），60 公分池塊採集50公分深度樣品（以下稱C處理）進行分析。
河道底泥酸鹼值屬中性至弱鹼狀態，為理想之脫硝作用環境，底泥質地屬於砂質壤土或坋質壤土，由底泥味道隨時間減少及及顏色隨時間之改變可初步判定底泥中氮類轉換及氧化之存在，底泥中菌數之減少及菌相之多元化亦代表著生物降解的進行，而最終總氮之減少及硝酸態氮之增加以及SOD下降則更加驗證了復育之成效。
在試驗過程中最具代表之指標屬菌相及氮類之改變，復育過程中菌數減少程度以A處理最多，其次為B處理，減少數量最少為C處理，結合菌相之增加以及硝酸態氮之增加(增加濃度以A處理最多、其次為B處理、C處理為最少)，表示復育成效之結果為硝化效果隨深度減少，近表面之復育成效較佳，當底泥深度至40公分時仍具相當之效果，而復育最佳之時程則為2-3個月。底泥中重金屬未超出法規標準值，並含有豐富之硝酸態氮，在底泥達到復育成效之同時，挖除之底泥亦可提供民眾種植用土壤之二次利用。