一一九二年，源賴朝從朝廷取得征夷大將軍稱號，武士貴族專權自此始。日本正式進入了武士階層掌握政權的幕府政治時期。在這個時期內，以天皇為首的貴族政權的朝廷仍舊在京都存在著，以將軍為首的武士政權——幕府與朝廷同時並存，將軍名義上由天皇任命，實際上卻是掌握實權的最高統治者。 　　 　　鐮倉幕府：武家政治的開端 　　 　　鎌倉幕府是平安王朝末期武將源賴朝在一一八○年起兵反對貴族平氏政權，至一一九二年被任命為征夷大將軍這段時間內創立。其設有負責幕府領域內行政與財務的政所、統轄與源氏結成主從關係的御家人的侍所、和審理御家人訴訟的問注所的三個武士政權機關。將軍任命御家人到全國各地任地方行政機構「國」的守護和各莊園的地頭，掌握地方警察、徵稅和土地管理權。 　　 　　鎌倉幕府是以將軍為首，御家人為骨幹的武士政權。源賴朝死後，幕府大權漸由源氏外戚北條氏控制，幕府遂由將軍獨裁向北條氏執權政治過渡。一二二一年，不滿幕府的後鳥羽上皇發動討幕戰爭。戰後，幕府流放後鳥羽等三個上皇，廢仲恭天皇，另立後堀河天皇，新設六波羅探題以監視皇室，並沒收參與叛亂的皇族與貴族的莊園三千餘處。這時幕府權力超過朝廷，甚至干預天皇的繼承。並在一二三二年公佈第一個武士政權成文法《貞永式目》，為武家法律之本，並逐漸成為全國性的法律。 　　 　　鎌倉幕府後期，由於農民的反抗和御家人的貧困，社會矛盾日益表面化，特別是在兩次抗元戰爭之後，中下階層的武士對幕府日益不滿。北條氏得宗為鞏固統治，僅任命本家子弟為評定眾與守護，獨攬幕府大權。因而在一三二四年，後醍醐天皇舉兵倒幕，一三三三年足利尊氏響應，五月上野新田義貞攻入鎌倉，鎌倉幕府滅亡。