一一九二年，源賴朝從朝廷取得征夷大將軍稱號，武士貴族專權自此始。日本正式進入了武士階層掌握政權的幕府政治時期。在這個時期內，以天皇為首的貴族政權的朝廷仍舊在京都存在著，以將軍為首的武士政權——幕府與朝廷同時並存，將軍名義上由天皇任命，實際上卻是掌握實權的最高統治者。 　　 　　江戶幕府：戰國時代的終結 　　 　　一六○三年，德川家康被任命為征夷大將軍，在江戶開設幕府，至第三代將軍德川家光時，幕府機構大體完備。幕府領地約佔全國土地四分之一，其餘由大名領有，稱藩國。將軍是全國最高統治者，控制朝廷、大名與外交；幕府在直轄領地設郡代或代官，通過測地、村年貢承包制、五人組制等，直接控制農民。 　　 　　大名是各藩國的統治者，擁有領地的行政、司法和年貢徵收權等。幕府設巡見使及被稱為目付的監察官監督各藩國，並採取大名參覲交代和大名改易等辦法控制大名，但各藩國仍具有相對獨立性。因此形成在德川將軍控制下的各藩國分割統治的政治體制。 　　 　　十七世紀末，由於商品經濟發展，幕藩體制出現危機，農民起義頻繁。一八五四年日本開國後，民族危機又加劇了封建制危機。薩摩、長州等西南強藩，在改革派下級武士推動下，逐漸採取與幕府不同的政策，殖民興業，抵抗外敵。一八六七年在倒幕運動壓力下，第十五代將軍德川慶喜被迫宣布「奉還大政」。一八六七年十二月倒幕派發動「王政復古」政變，宣布廢除幕府制度。新成立的明治天皇政府發動戊辰戰爭，徹底打倒幕府勢力。至此，日本的幕府政治結束。