全書架構分為『環境動能篇』、『巿場總覽篇』、『產業篇』、『趨勢與未來展望篇』等四篇章。在研究架構上，先以緒論闡述產業定義、特性、研究範圍之介紹，帶領讀者先對生技醫藥產業有一整體概念，對製藥產業年鑑的整體規劃有一初步及全面架構的了解，進而進入各篇章的研究。
『環境動能篇』之第二章「總體環境指標」：撰述產業宏觀環境因素描述、資本市場現況、產業重大事件解析。

『巿場總覽篇』：該篇有第三～五章，分別就全球及我國、主要市場（美國、歐洲五國、日本、中國大陸）、新興市場（東南亞八國、土耳其）的製藥產業剖析、包括主要政策法規、市場、進出口、產品、廠商、製藥環境風險／報酬評比及未來展望。

『產業篇』：該篇依五項次產業：原料藥、生技藥品、學名藥、OTC藥品及中藥規劃五章（第六～十章），每項產業均探討全球及我國，並再依各產業特性決定所要探討競爭國家或利基巿場，像是原料藥及生技藥品，是相對較具競爭性的產業，故撰寫競爭國家分別為印尼及南韓。學名藥、OTC藥品及中藥是相對成熟度較高的產業，以尋找利基市場的角度作為方向，故探討學名藥的利基國家-越南、OTC藥品的利基國家-馬來西亞、中藥的利基國家-印尼，上述各次產業之競爭國及利基國家將隨市場變化逐年進行調整。

『趨勢與未來展望篇』：為第十一～十二章，第十一章趨勢議題，包括免疫療法之未來趨勢、東方醫學崛起之植物新藥的發展契機、Big Data對醫藥產業的衝擊與影響。第十二章未來預測與發展建議，包括總體環境趨勢、研發動向分析、未來預測，以及原料藥、生技藥品、學名藥、OTC藥品及中藥五項次產業的發展建議論述，每項次產業均依其產業進行機會與挑戰、SWOT策略分析、發展建議（含政策面、產業面、企業面建議）。