環境中各類型微生物無所不在，除人類作為食品醫藥所用以外，同時亦可能透過食物、飲水、空氣等媒介，導致各類型感染疾病與健康症狀。近來由於全球化與人口密集化之世界趨勢發展，更使疾病傳播擴散之速度日益提升。
以最具公共衛生威脅之空氣或飛沫傳染疾病為例，中世紀改變歷史甚鉅之黑死病鼠疫及天花，近年來由於醫療技術及防疫政策發展，已為記憶陳跡，然而2003年所爆發之SARS，由於致病原一時未明與空氣傳播之特性，再次使人類對於疾病之認知及心態丕變。再由近來爆發傳聞山雨欲來風滿樓，各國政府嚴加備戰之H5N1禽流感，及在短時間造成全球大流行H1N1新型流感的出現，實可知微生物所引起之感染及過敏等症狀疾病，從未自人類生活中絕跡。
除已確定品系之病原體之外，人類所須面對更為嚴重威脅者則為新興傳染病(Emerging infectious disease)。根據世界衛生組織(WHO)之統計，自1973年至1998年，世界上已出現超過20種之新興傳染病，包括以空氣為媒介或是近距離飛沫傳播者，如退伍軍人菌和2003年導致SARS的新型冠狀病毒等。造成此種狀況之原因可能由於新地理區域開發，自然生態衝擊變遷，生活形態轉變等因素，導致人類增加與既往不熟悉之微生物或其自然宿主之機會，進而或增加疾病擴散之機率。此等因素再加上病原體對於環境壓力及抗藥性選擇之天擇演化，造成新興或再現傳染病(Re-remerging infectious disease)如雨後春筍般浮現人世。因此針對病原體與傳染疾病之有效監測、控制及預防管理制度，實為今日安全衛生與公衛防疫科研人員首要研究重點之一。
勞工因其作業環境特性，暴露於微生物之頻率與濃度各有所別，而由微生物所造成之危害問題所在多有且形色各異。近年來由於醫療產業以及生物科學之 迅速發展，身處於醫療院所、養護機構及生物實驗室之工作人員數量遽增。傳染性疾病之高暴露風險勞工已不再侷限於傳統農畜產業。其中，醫療院所及養護機構之傳染性疾病暴露評估與預防管理，國內外過去多半由患者感染控制角度出發，較少有基於勞工危害防護層面之研究成果。
深究其因可發現，傳統醫療機構內之院內感染任務多屬感控單位辦理，然而SARS事件後發現針對微生物本身之控制防護技術，如建築環境結構、通風管道設計及個人防護器具等，均以工業安全衛生為基礎，其並非純以臨床醫師及護理師組成之感控單位所能勝任。由此可知，未來因應醫療院所內之新興傳染性疾病，感染控制及工安環衛兩大領域之資源及技術，皆尚有整合分享之空間。
生物實驗室則由於近來國內生命科學研究漸趨熱絡而大量林立。然而相關防護設備、安環管制措施及實驗操作流程，於國外雖已確立各類參考標準與資訊，但國內則尚未有統一之調查與規範可循。而上述之三種新近高傳染性疾病風險作業場所，結合前述之新興傳染病微生物問題，更使其威脅日增，不可小覷。
勞工安全衛生研究所向來以保障現場作業人員健康為己任。針對傳染性疾病之特性，本所擬定危害調查與控制相輔相成之雙管齊下策略。利用邇來迅速發展之分子生物技術配合傳統工業衛生之堅實採樣策略與概念，針對無論是新興或是既有之環境微生物致病原，研議以準確定性定量為目標之採樣技術方法。同時藉由採樣調查所得之資料，提擬各類型危害控制及預防之技術。而在危害物之辨識、評估、控制等資訊步驟齊全之前提下，設計架構恰當可行之危害預防管理制度，藉由規範建立與法令推展之行政手段，漸次推展至職場以保障作業勞工的健康。