故事一開頭，就見到“血”，雖然這個“血”是來自“我姨媽”書娟才十四歲“初潮”剛來的身體，但也暗示出殘酷的戰爭和大屠殺所帶來的血腥已經彌漫在這一座古老城市的每一個角落了。“我姨媽”書娟是寄學在金陵城中一座名叫聖瑪麗亞美國天主教堂裡的一位學生，這時的美國處在中立國位置，所以美國的教堂自然成了避難所，12月12日這天清晨，神聖莊嚴的聖瑪麗教堂後院的牆頭上冒出了幾個打扮俗豔的女人，她們懇請英格曼神父收留，基於人道主義立場，神父通過艱難的決定，最終收留了她們。她們是來自秦淮河畔青樓堂子間的女人，也就是在清純的書娟眼裡的“特殊女人”，這群人中還有一位令“我姨媽”書娟切齒仇恨的後來成為“金陵十三釵”中主角的玉墨。玉墨是“我姨媽”父親的相好，正是因為她的介入，使得父母決計遠涉重洋到美國，而將“我姨媽”留在了國內；正是因為玉墨，書娟遠離父母，不得不獨自經歷這場人間殘酷血腥的大浩劫。被收留的這群“特殊女人”，起初真是“商女不知亡國恨，隔江猶唱後庭花”，她們並不知道發生在教堂外那血淋淋的一幕幕，只是從神父們偶爾的言語流露中約略知道外面正進行著血腥的屠殺，雖然成千成萬的中國人被殺、被活埋，女人的被強奸、被剖腹……但她們只是約略感覺到這事的邪惡，而並沒有感覺到切膚的痛楚，只有當同伴十五歲的豆蔻有一天為了要拿到一把紫]演奏給一位從死人堆裡爬出的軍人王浦生而離開了教堂之後，所經受絕無人性的日軍殘酷輪奸、折磨而變成精神錯亂之時，她們才知道這場戰爭的殘酷已經不是跟她們沒有一點關係，而是隨時都會發生的。從這個時刻開始，她們恢復了人性中最善良聖潔的一面，她們盡心照顧已經放下武器到教堂避難的傷殘的中國軍人，與院內四十幾位女學生也達到某種程度的和解。

　　但中立的美國聖瑪麗教堂終究不是避難的天堂，在毫無人性，不遵守任何規則的日軍眼裡，只要他們想要，就沒有進不去的地方，聖瑪麗教堂終於在12月20日的晚上被日軍侵入了，他們搜查避難在教堂中的中國軍人，並最終將傷殘的中國軍人全部用刺刀槍殺，躲在暗處的女生書娟、窯姐玉墨等不覺痛哭失聲。第二天清晨，她們一起為這五位被英勇獻身的中國軍人唱起了安魂曲……

　　唱詩班女學生童稚聖潔的聲音在南京城夜空中穿越回蕩，它充滿著誘惑，使日軍邪惡淫蕩的魔爪再一次伸進了教堂。12月24日下午，一名日軍大佐率領著一群日軍即使在英格曼神父強烈的抵制下，還是強行闖入了這塊避難之所，他們以慶祝聖誕名義，要唱詩班女生到軍營為他們獻唱。這是一個陷阱，一個邪惡血腥的陷阱，在這無可退避的時刻，以玉墨為首的一群“特殊女人”挺身而出，她們一共十三位，這就是標題所說的“金陵十三釵”，借著夜幕掩護，每個人都以必死之心，身揣暗器，成它a替換尚在稚齡中的女生，而跟隨日軍前去。

 　　故事到這裡戛然而止，它留給了我們一個想...