《方亭隨筆錄》共六卷，於嗣德三十五年（1882），即阮文超過世十年後刻印刊行。在各卷卷首（除第三卷以外）都標記此書為壽昌居士效方亭親自編輯（「壽昌居士方亭手編」）。此書的名稱在書中稱載不一，如書前《小引》稱此書是《方亭遺集》，第一卷則稱《方亭隨筆錄》，第二卷 作《隨筆錄》，第四卷作《方亭隨筆》，校點者一律稱作《方亭隨筆錄》。

　　第一卷的名稱是「諸經考約」，實際上只涉及《易經》、《尚書》、《詩經》三經。作者大體對經典中的字句進行考究，沒有具體題目。只有在《易經》部分，作者才分列具體問題，問題後則寫上「以上說到…」。第二卷沒有名稱，但卷中可見各篇小題如：「聖諡」、「祀典」、「孔 林」等。全卷內容豐富，作者考察眾多問題，從孔子的諡名、配祀的人，到祭城隍的事、卜筮、印章、龍生九子的傳說、道士、科舉等無所不包。第三卷沒有名稱，卷內亦無小題。內容多為談論歷史事件與歷史人物。第四卷沒有名稱，「四海考約」是第一小目的名稱，很容易被誤會是全卷的名稱。這卷陳述各地理的問題，但考究的重心在於當時越南儒家還沒注意的地方。除此以外，作者也考察一些信仰天主教的國家。最後阮文超注重考察黃河、長江及歷代治黃河水的資料，以作為治紅河水的參考材料。第五卷為「四書摘講」，但實際上只論及》論語》、《大學》、《中庸》，未涉 及《孟子》。第六卷稱為「諸史考約」，主要內容談論立代史書編寫的一些問題如：李榕村（李光地，1642-1718，字晉卿，中國福建省安溪人）的《諸經總論》。

　　總的來說，第一卷的內容與第五卷的相近，都是考究儒家經典；第三卷與第六卷的內容相近，都論述歷史的問題；第四卷考究地理的問題；第二卷則為雜論。通過本書內的問題，特別是第一和第五卷，作者努力地提出不同於朱子及歷代名儒的見解。此一特點顯示阮文超除了接受中國歷來的詮解外，亦有個人的創發。