《兩位鍊金術師》在培訓取締殘存魔力威脅之『異端審問官』的專門機關，通稱『對魔導學園』當中，有一支由只擅長劍術的草薙哮，率領其他劣等生拼湊而成的『第３５試驗小隊』。某日，隊員之一的杉波斑鳩突然自校園內消聲暱跡。其實她是抗魔兵器開發公司Alchemist的前研究員，同時似乎也是掌握促使具備魔力，且有可能成為生物兵器的幻想生物．妖精復原之關鍵因素的重要人物──
哮等人為了追查憑空消失的斑鳩下落，一同動身前往危險區域『境界線』。豈料在那邊等待他們的，竟是受到名喚求知心的瘋狂欲望掌控，早已墜入魔道深淵的另一名『杉波』──
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